同源序列克隆法的同源基因克隆存在的问题与展望
同源序列法与图位克隆法和转座子标签法相比，更容易分离得到抗病基因。
例如大麦和小麦等作物的基因组较大并且 重复序列较多，很难构建高密度的分子标记连锁图谱，因而图位克隆法分离基因相对困难；果树难以建立理想的分离群体，同时又缺乏合适的转座子系统，因此经典克隆抗病基因的方法都不适合。
对多种植物 AP1 同源基因序列分析表明，AP1 基因相当保守，特别是转录因子中的 MADS 盒结构域。但不同的科、属植物间，AP1 同源基因存在分化，这表明 AP1 同源基因在植物的进化中既保守又有所发展。
该技术具有简单快速、特异性高、分离出的DNA 序列可以用于图位克隆、遗传图谱绘制和直接测序等优点，近年来，被分子生物学研究者广泛应用，成为分子生物学研究中非常实用的基因侧翼序列克隆技术，同时在植物基因克隆方面也取得了很大进展。
同源序列克隆法的简介
1、迄今已经从不同植物中克隆了约 50 个抗病基因，分别赋予植物体针对病毒、细菌、真 菌、线虫和昆虫等广泛病原物类型的特异性抗性（ 汪旭升等， 2005 ）。
2、同源序列法分离 RGAs 的过程快速、简捷， 并且应用上没有限制，因而能够在广泛植物中得到普遍应用。
3、第三，一些新的抗病类型不属于保守域结构，具有新的编码蛋白，用此方法不能得到目的基因。目前应用同源序列法还未见得到完整抗病基因的报道。只得到了结构上与抗病基因类似的片段（RGA），但该方法对抗病基因的研究和克隆所显示的潜力是很诱人的。
4、无缝克隆又叫同源重组，它可以将单个至多个片段同时插入到一个载体中，而不需要进行多次的酶切和纯化。通常情况下，无缝克隆可以在 515 min内完成多个片段的连接，其克隆阳性率高达 98% 以上。
基因同源查询的原理是什么?
基因同源查询的原理是同源基因是由一个共同祖先在不同物种中遗传的基因。虽然同源基因在序列上是相似的，但相似的序列不一定是同源的。同源基因是说一类含有同源框的基因。在胚胎发育中的表达水平对于组织和器官的形成具有重要的调控作用。
功能相似的基因具有相似的序列。生物信息学分析预测基因功能 通过生物信息学分析和实验研究。原理：功能相似的基因具有相似的序列 。同源基因查询：通过已存入数据库中的基因序列与待查的基因组序列进行比较，从中查找可与之匹配的碱基序列及其比例，用于界定基因的方法称为同源查询。
同源基因是指来自同一个祖先基因的两个或多个基因。在进化过程中，基因会经过复制和变异，但有些基因的序列保持相对稳定，一直沿袭着某个共同祖先的形态。这些基因被称为同源基因。同源基因在生物体内发挥着重要作用，可以控制相关的生理过程。同源基因在生物学研究中具有重要意义。
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同源基因，生物学中一个关键概念，指的是在生物体中，那些源自同一祖先基因的两个或更多副本。这些基因虽然在进化过程中可能经历了复制和变异，但它们的基本序列结构往往保持相对稳定，反映出它们共同祖先的遗传特征。这种遗传一致性赋予同源基因在生物体中特定的功能调控作用，影响着生理过程的运行。
寻找不同个体中同源序列有变异的方法是哪种pcr
该pcr是聚合酶链反应。聚合酶链反应中特定的PCR技术称为限制性片段长度多态性PC或缩写为PCR-RFLP。是一种通过在DNA序列中检测限制性内切酶的切割位点差异来检测基因型的方法。利用PCR扩增目标DNA区域，然后使用限制性内切酶切割扩增产物。
方法 通常，一个独立样本的DNA首先被提取和纯化。纯化后的DNA可以用PCR反应扩增。随后，用限制性核酸内切酶切成“限制性片段”，每种内切酶只能切除可被它识别的特定序列。随后，限制性片段通过琼脂糖凝胶电泳将不同长度的片段分开。得到的凝胶可以通过南方墨点法（Southern blotting）进行强化。
聚合酶链式反应（PCR）解释：PCR是一种在实验室中快速扩增特定DNA片段的方法。通过特定的引物与DNA模板结合，利用酶的作用，进行链式反应，将特定的DNA片段大量复制。这种方法广泛应用于DNA鉴定中，如亲子鉴定、个体识别等。