分子标记有什么优点?
优点：1）数目和种类很多 ；2）一次PCR反应可检测多个遗传位点；3）AFLP分析模板用量少；4）分辨率高；5）假阳性低，可靠性高；6）AFLP标记多数为显性；缺点：分析成本高；DNA的纯度及内切酶质量要求也比较高；甲基化敏感酶易产生假假阳性。
优点：随机引物分子标记的等位基因具有共显性的特点，结果稳定可靠，重复性好，特别适应于构建遗传连锁图。缺点：在进行随机引物分子分析时，需要该位点的DNA片段做探针，用放射性同位素及核酸杂交技术，既不安全又不易自动化。
分子标记与形态标记、细胞标记、生化标记相比较，有以下几方面的优点：①在植物体的多个组织及生育阶段均可检测到，不受时空限制。②数量多，遍及整个基因组。③有许多标记表现为共显性，能够鉴别基因型纯合与否，提供完整的基因型。
分子标记育种是利用分子标记与决定目标性状基因紧密连锁的特点，通过分子标记与决定目标性状基因紧密连锁，利用检测分子标记，即可检测到目的基因的存在，达到选择目标性状的目的，具有快速、准确、不受环境条件干扰的优点。
SNP适于快速、规模化筛查。组成DNA的碱基虽然有4种，但SNP一般只有两种碱基组成，所以它是一种二态的标记，即二等位基因（biallelic）。 由于SNP的二态性，非此即彼，在基因组筛选中SNPs往往只需+/-的分析，而不用分析片段的长度，这就利于发展自动化技术筛选或检测SNPs。
